add a nasty R chapter

chap/R.tex

@@ -0,0 +1,237 @@
+\chapter{R}
+\index{R}
+
+% new: Mon Oct  9 07:44:09 UTC 2023
+
+% https://raw.githubusercontent.com/wurli/r-best-practice/main/cheatsheet.jpg
+
+% ======================================================================
+
+Je n'ai certainement pas la prétention de vous enseigner
+les arcanes du \textsl{R project},
+je suis (octobre 2023) en pleine périoe de découverte.
+Mais j'ai déja un projet concret en tête, et ce chapitre sera,
+dans un premier temps, composé de mes notes de voyage.
+
+\begin{quote}
+R is a language which bears a passing resemblance to the S language
+developed at AT\&T Bell Laboratories.
+It provides support for a variety of statistical and graphical analyses.
+R is a true  computer  language which contains a number of control-flow
+constructions for iteration and alternation.
+It allows users to add additional functionality by defining new functions.
+\end{quote}
+
+% ======================================================================
+\section{Les bases}
+
+Le caractère \texttt{>} est le prompt de R, il vous invite à taper
+des commandes afin qu'il vous explique le sens de la vie.
+On peut définir des variables, leur donner une valeur et faire des calculs
+avec ces variables,
+ce qui est bien suffisant pour commencer. Démonstration~:
+
+\begin{verbatim}
+> a <- 22
+> b <- 7
+> a ; b
+[1] 22
+[1] 7
+> a / b
+[1] 3.142857
+\end{verbatim}
+
+Les choses semblent simples, nous avons approximé $\pi$.
+Les deux premières lignes affectent des valeurs aux variables a et b.
+La troisième demande l'affichage de ces variables, et la quatrimème
+fait le calcul du nombre qu'il faut apprendre aux sages..
+
+% ----------------------------------------------------------------------
+\subsection{Variables}
+
+Elles sont auto-vivifiantes\footnote{Si quelqu'un a un meilleur terme,
+je sui preneur}, c'est-à-dire qu'elles existent dès qu'elles
+sont référencées, il n'y a pas de déclaration préalable à faire.
+
+Enfin, avec R, il ne faudrait pas parler de variables, mais
+d'objets, lesquels contenant les variables.
+
+Ces objets/variables peuvent être de différents types : chaines de caractères, 
+valeurs numériques, booléens\dots
+
+% ----------------------------------------------------------------------
+
+\subsection{Builtins}
+
+Quelques fonctions de base, plus ou moins vaguement expliquées.
+
+\vspace{1em}
+
+\begin{tabular}{|l|p{7cm}|}
+\hline
+\textbf{Fonction}	&		\textbf{Signification}		\\
+\hline
+foo <- 3.14159		&  Affectation d'une valeur à une variable	\\
+ls()                    &  Liste les objets actuellement chargé.        \\
+help(foobar)		&  Avoir de l'aide sur la chose \textsl{foobar}, %
+				abréviation: ?foobar			\\
+class(pixel)		&  Classe de l'objet (numeric, data.frame, ...)	\\
+str(foobar)		&  Information sur l'objet 'foobar'		\\
+\hline
+\end{tabular}
+
+% ----------------------------------------------------------------------
+
+\subsection{Scripting}
+
+\textbf{R --vanilla --quiet < mon-script.R}
+
+La magie du shebang\index{shebang}
+
+%      Heredoc ?
+
+% ======================================================================
+\section{Un cas concret}
+
+Nous disposons d'un fichier SSV
+(Space Separated Values)\footnote{C'est nouveau, ça vient de sortir.}
+provenant d'un système optico-numérique bi-dimensionnel multi-planaire
+(aka Webcam\index{Webcam}).
+Et nous voulons en tirer quelques chiffres et graphiques bien
+clinquants,
+par exemple les éventuels rapports entre le rouge et le bleu.
+Pour la facilité de la mise en page, nous allons utiliser un fichier 
+contenant seulement huit lignes de données,
+alors qu'un cas réel en comprend quelques centaines de milliers.
+
+Voici les quelques lignes de ce fichier~:
+
+\begin{verbatim}
+X Y R G B
+0 0 0.000000 0.000000 0.000000
+240 0 3967.814941 1983.907471 0.000000
+480 0 7935.629883 3967.814941 0.000000
+720 0 11903.445312 5951.722656 0.000000
+0 240 0.000000 3967.814941 7935.629883
+240 240 3967.814941 5951.722656 7935.629883
+480 240 7935.629883 7935.629883 7935.629883
+720 240 11903.445312 9919.537109 7935.629883
+\end{verbatim}
+
+Vous pouvez remarquer que les noms de colonnes sont sur la première
+ligne du fichier, et qu'il y a deux types de données~:
+les coordonnées x/y qui sont des nombres entiers, et les composantes
+de couleur (r/g/b) qui sont des valeurs flottantes. 
+
+% ----------------------------------------------------------------------
+Il nous faut maintenant charger ces données dans le logiciel.
+La fonction \texttt{read.delim} est là pour ça, il faut juste lui
+passer les options convenantes pour notre fichier de données~:
+signaler la présence de l'entête avec les noms de colonnes et
+le type du séparateur entre champs.
+
+\begin{verbatim}
+> pixels <- read.delim("foo.txt", header=TRUE, sep=' ')
+> pixels
+    X   Y         R        G       B
+1   0   0     0.000    0.000    0.00
+2 240   0  3967.815 1983.907    0.00
+3 480   0  7935.630 3967.815    0.00
+4 720   0 11903.445 5951.723    0.00
+5   0 240     0.000 3967.815 7935.63
+6 240 240  3967.815 5951.723 7935.63
+7 480 240  7935.630 7935.630 7935.63
+8 720 240 11903.445 9919.537 7935.63
+> class(pixels)
+[1] "data.frame"
+> pixels$G
+[1]    0.000 1983.907 3967.815 5951.723 3967.815 5951.723 7935.630 9919.537
+\end{verbatim}
+
+Si vous avez fait cette manipulation, bravo, vous êtes maintenant
+un \textsl{data-scientist} reconnu. Mais il nous reste beaucoup
+de choses à apprendre. Le voyage n'est pas fini.
+Il est temps d'explorer (ou exploiter ?) un peu nos données.
+
+
+% ======================================================================
+
+\section{Statistiques}
+
+Oui, c'est un peu pour ça que \textbf{R} a été conçu.
+Hélas ce n'est pas un domaine qui m'est familier, alors ce que
+vous allez lire doit être pris avec des pincettes aussi bien
+du coté des maths sous-jacentes que de la méthodologie.
+
+
+
+\begin{verbatim}
+> mean(pixels$R) ; mean(pixels$G)
+[1] 5951.723
+[1] 4959.769
+\end{verbatim}
+
+% ======================================================================
+\section{Graphiques}
+
+Bah c'est pas simple, alors j'ai activé le \textsl{rach-system} et je
+suis arrivé à ce petit truc qui me permet de faire de la
+\texttt{gif89a}\index{gif89a}, donc je suis content.
+Vous allez voir, c'est assez simple, mais le diable\index{Prada}
+se cache dans les détails, et un peu aussi dans la doc tortueuse.
+
+% ----------------------------------------------------------------------
+\subsection{x/y}
+
+Un des classiques du genre.
+
+\begin{verbatim}
+R --vanilla --quiet << __EOR__
+    pixels <- read.delim("cumul.txt", header=TRUE, sep=' ')
+    png(filename="cumul.png", width=640, height=480)
+    plot(pixels\$X, pixels\$B, pch=".",
+                        main="$title", sub="tTh 2023",
+                        xlab="composante rouge",
+                        ylab="composante bleu")
+    quit(save="no")
+__EOR__
+\end{verbatim}
+
+Détaillons un peu le script~:
+comme dans l'exemple précédent, nous chargeons nos données dans un
+\textsl{data.frame}. Ensuite nous spécifions une sortie vers un
+fichier image au format PNG\index{PNG}, avec une taille d'image fixée.
+Finalement, nous traçons notre image avec l'instruction \texttt{plot}
+et ses nombreux paramêtres.
+Je vais détailler ceux qui sont utilisés dans cet exemple, et je vous rappelle
+que \texttt{help(plot)} est là pour vous aider.
+
+\begin{itemize}
+\item \texttt{pch} : type de la plume utilisée
+\item \texttt{main} : titre principal de la page
+\item \texttt{sub} : sous-titre, placé tout en bas
+\item \texttt{xlab} : label de l'axe des X
+\item \texttt{ylab} : label de l'axe des Y
+\end{itemize}
+
+Avec ça, nous pouvons déja faire quelgues diagrammes corrects
+\footnote{Voire même on peut tenter de la gif89a\index{gif89a}},
+mais d'autres paramêtres devraient retenir notre attention, comme
+la gestion des marges et des couleurs, comment exporter proprement
+vers \LaTeX, peut-on faire de la 3D\index{3D}, \dots
+
+% ----------------------------------------------------------------------
+
+\subsection{Histogramme}
+
+hist(datas\$V3, breaks=50)
+
+% ======================================================================
+
+\section{Interface avec l'OS}
+
+
+
+
+% ======================================================================
+

code/R/README.md

@@ -0,0 +1,3 @@
+# R
+
+Be warned, Only garbage here.

tetatricks.tex

@@ -17,6 +17,10 @@
 %
 %	hot to have \begin{quote} in sans serif ?
 %
+\makeatletter
+\def\verbatim@font{\normalfont\ttfamily\small}
+\def\quote@font{\sffamily}
+\makeatother
 
 \makeindex
 
@@ -26,7 +30,7 @@
 %------ reglages des 'listings'
 \lstset{frame=single}           % dessin d'un cadre autour du listing
 \lstset{basicstyle=\ttfamily\small}
-\lstset{aboveskip=1.0em,belowskip=1.0em}
+\lstset{aboveskip=0.7em,belowskip=0.7em}
 
 \setcounter{tocdepth}{1}	% XXX à regarder un de ces jours ?
 \pagestyle{plain}
@@ -36,11 +40,6 @@
 \setitemize[1]{label={\ding{87}}}
 \frenchbsetup{CompactItemize=false}
 
-\makeatletter
-\def\verbatim@font{\normalfont\ttfamily\small}
-% XXX \def\quote@font{\sffamily}
-\makeatother
-
 \title{Tricks pour mon ordinateur}
 \author{Thierry « tTh » Boudet}
 
@@ -50,8 +49,6 @@
 % ==============================================================
 \chapter{Introduction}
 
-Un nouveau nouvel ouvrage, en vrac.
-
 Des notes informelles sur l'utilisation
 d'un ordinateur moderne, vous allez en avoir vraiment beaucoup.
 Mais elles sont en vrac, et surtout, elles sont reprises
@@ -131,7 +128,7 @@ en ligne sur le site du Tetalab. Your mileage may vary\dots
 \input{chap/scripting}
 \input{chap/Arduino}
 \input{chap/Basic}
-
+\input{chap/R}			% new octobre 2023
 % \input{chap/GMP}
 \input{chap/Python}
 \input{chap/dino}